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cases/reverse_complement/input.txt

@@ -0,0 +1,171 @@
+>ONE Homo sapiens alu
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+AAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAG
+GCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCG
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+GGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCA
+GGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAA
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+AATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCA
+GCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGT
+AATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACC
+AGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTG
+GTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACC
+CGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAG
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+TGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACA
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+GTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGG
+TTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGT
+CTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGG
+CGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCGAGACCAGCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCG
+TCTCTACTAAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTA
+CTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCG
+AGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCG
+GGCGCGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACC
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+GGCAGGAGAATCGCTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACT
+GCACTCCAGCCTGGGCGACAGAGCGAGACTCCGTCTCAAAAAGGCCGGGCGCGGTGGCTC
+ACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCCGAGGCGGGCGGATCACCTGAGGTCAGGAGT
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+CGGGCGTGGTGGCGCGCGCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCG
+CTTGAACCCGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCCGAGATCGCGCCACTGCACTCCAGCCTG
+GGCGACAGAGCGAGACTCCG
+>TWO IUB ambiguity codes
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+tactDtDagcctatttSVHtHttKtgtHMaSattgWaHKHttttagacatWatgtRgaaa
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+gtaBDtRacttttcWatMttDBcatWtatcttactaBgaYtcttgttttttttYaaScYa
+HgtgttNtSatcMtcVaaaStccRcctDaataataStcYtRDSaMtDttgttSagtRRca
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+accRVacacaaactaccScattRatatKVtactatatttHttaagtttSKtRtacaaagt
+RDttcaaaaWgcacatWaDgtDKacgaacaattacaRNWaatHtttStgttattaaMtgt
+tgDcgtMgcatBtgcttcgcgaDWgagctgcgaggggVtaaScNatttacttaatgacag
+cccccacatYScaMgtaggtYaNgttctgaMaacNaMRaacaaacaKctacatagYWctg
+ttWaaataaaataRattagHacacaagcgKatacBttRttaagtatttccgatctHSaat
+actcNttMaagtattMtgRtgaMgcataatHcMtaBSaRattagttgatHtMttaaKagg
+YtaaBataSaVatactWtataVWgKgttaaaacagtgcgRatatacatVtHRtVYataSa
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+aaaHgtacVtagaYttYaKcctattcttcttaataNDaaggaaaDYgcggctaaWSctBa
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+cgtaBVttccagccBcttaRKtgtgcctttttRtgtcagcRttKtaaacKtaaatctcac
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+ccctcccctagaWBtttHtBccttagaVaatMcBHagaVcWcagBVttcBtaYMccagat
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+gaWtactKKMaacatKatacNattgctWtatctaVgagctatgtRaHtYcWcttagccaa
+tYttWttaWSSttaHcaaaaagVacVgtaVaRMgattaVcDactttcHHggHRtgNcctt
+tYatcatKgctcctctatVcaaaaKaaaagtatatctgMtWtaaaacaStttMtcgactt
+taSatcgDataaactaaacaagtaaVctaggaSccaatMVtaaSKNVattttgHccatca
+cBVctgcaVatVttRtactgtVcaattHgtaaattaaattttYtatattaaRSgYtgBag
+aHSBDgtagcacRHtYcBgtcacttacactaYcgctWtattgSHtSatcataaatataHt
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+ttactttacgatcaccNtaDVgSRcgVcgtgaacgaNtaNatatagtHtMgtHcMtagaa
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+>THREE Homo sapiens frequency
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+tagattgcgcaaaattcgtaccttaagtctctcgccaagatattaggatcctattactca
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+tcttatgtgtaccatatgtatagtaatcacgcgactatatagtgctttagtatcgcccgt
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+gaatagcttctatttttgtgtttattgacatatgtcgaaactccttactcagtgaaagtc
+atgaccagatccacgaacaatcttcggaatcagtctcgttttacggcggaatcttgagtc
+taacttatatcccgtcgcttactttctaacaccccttatgtatttttaaaattacgttta
+ttcgaacgtacttggcggaagcgttattttttgaagtaagttacattgggcagactcttg
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+ctcgtgatgattagttgtcttctttaccaatactttgaggcctattctgcgaaatttttg
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+cattgtaattcttacacaatgaatcctaagtaattacatccctgcgtaaaagatggtagg
+ggcactgaggatatattaccaagcatttagttatgagtaatcagcaatgtttcttgtatt
+aagttctctaaaatagttacatcgtaatgttatctcgggttccgcgaataaacgagatag
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+acaatacgggttgagatattaattatttgtagtacgaagagatataaaaagatgaacaat
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+tgtatttttaagcggttctaattcagtcattatatcagtgctccgagttctttattattg
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+taatacttccctttcgccgaatactggcgtggaaaggttttaaaagtcgaagtagttaga
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+tgcttgaacaatattgatctaccacacacccatagtatattttataggtcatgctgttac
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+gatatcaagcgctttaaattgcatataacatttgagggtaaagctaagcggatgctttat
+ataatcaatactcaataataagatttgattgcattttagagttatgacacgacatagttc
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+gatgatcgttagttatcgacttaggtcgggtctctagcggtattggtacttaaccggaca
+ctatactaataacccatgatcaaagcataacagaatacagacgataatttcgccaacata
+tatgtacagaccccaagcatgagaagctcattgaaagctatcattgaagtcccgctcaca
+atgtgtcttttccagacggtttaactggttcccgggagtcctggagtttcgacttacata
+aatggaaacaatgtattttgctaatttatctatagcgtcatttggaccaatacagaatat
+tatgttgcctagtaatccactataacccgcaagtgctgatagaaaatttttagacgattt
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+acgtataccgcgcatatatgaacatttggcgataaggcgcgtgaattgttacgtgacaga
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+gtgatgcttccgtagaaataccgccactggtctgccaatgatgaagtatgtagctttagg
+tttgtactatgaggctttcgtttgtttgcagagtataacagttgcgagtgaaaaaccgac
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+tcttgaaagatacataagcgataagttacgacaattataagcaacatccctaccttcgta
+acgatttcactgttactgcgcttgaaatacactatggggctattggcggagagaagcaga
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+atccaagcgcgttatctgattagagtttacaactcagtattttatcagtacgttttgttt
+ccaacattacccggtatgacaaaatgacgccacgtgtcgaataatggtctgaccaatgta
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