Файл bioinf.ipynb содержит скрипт, разделенный на блоки, который позволяет проектировать потенциально иммуногенные пептиды из белковой структуры. Скрипт загружает структуру белка из файла, определяет место разреза и находит доступную область в белке. Затем генерируются кандидатские пептиды различной длины в этой области, вычисляется их иммуногенность и фильтруются уже известные антигенные мотивы. Далее оптимизируются последовательности пептидов на основе их иммуногенности и выбираются лучшие пептиды для вывода на экран.
Скрипт позволяет варьировать следующие параметры:
file_path- путь к файлу структуры белка.site_sequence- последовательность аминокислот, которую нужно разрезать для генерации пептидов (взял из статьиart.pdf).sasa_threshold- пороговое значение для вычисления доступных областей в структуре белка.peptide_length_range- диапазон возможных длин пептидов.known_antigenic_motifs- известные антигенные мотивы, которые нужно исключить из генерации пептидов.top_n- число лучших пептидов, которые нужно выбрать для оптимизации.
Для дальнейшего анализа линейных последовательностей предлагаю использовать AlphaFold2 для перевода их в формат pdb. Затем, через obabel, можно конвертировать pdb в pdbqt и загрузить полученные файлы в папку docking/ligands. (можно как скрипт сделать)
Структуру белка в формате pdbqt следует поместить в папку receptors.
Структуру пептидов в формате pdbqt следует поместить в папку ligands.
Далее можно запустить скрипт Vina, который создаст файлы конфигурации для AutodockVina и запустит молекулярный докинг. может быть нужна ручная настройка
Полученные результаты можно проанализировать. Также можно провести дополнительное исследование молекулярной динамики.